Premièrement, les PGM sont autorisées aux Etats-Unis selon le principe de l'équivalence en substance. Ce principe veut que si une plante GM et une plante conventionnelle sont équivalentes d'un point de vue de la composition chimique (taux de protide, lipide et glucide), alors elle n'a pas besoin d'évaluation sanitaire. En Europe, ce principe existe, mais il n'est pas utilisé seul.

Deuxièmement, les dossiers de demandes d'autorisation d'une PGM ne sont pas contre expertisés par les Commissions scientifiques des Etats membres ou de l'UE. Et ces dossiers présentent souvent quelques lacunes : les études toxicologiques ou d'alimentarité sont réalisées sur quelques semaines et sur une seule génération de rats, ne permettant pas d'envisager des risques à moyen et long termes ; pour l'allergénicité, les scientifiques évaluent à partir de données existantes, ce qui n'est pas suffisant du fait que l'introduction d'un transgène peut produire des protéines différentes (notamment dans leur dimension spatiale : cf. Inf'OGM n°69) ou non habituellement consommées par les êtres humains. Enfin, Gérard Pascal, membre de la Commission du Génie Biomoléculaire, en charge des évaluations scientifiques des PGM en France, estime que le modèle du rat n'est pas adéquat pour juger de l'innocuité ou non des PGM. Or, c'est le rat et uniquement le rat qui subit les tests.

Par ailleurs, une enquête menée auprès de différents scientifiques par Marcus Williamson, journaliste de “Genetically Modified Food, UK and World News” affirme qu’aucune étude indépendante n’a encore été menée sur l’impact sanitaire du soja et du maïs OGM vendus aux Etats-Unis et en Europe.

La plus célèbre reste l'étude du Prof. Arpad Pusztaï. Ce dernier, chercheur au Rowett Institute (Grande-Bretagne), répond à un appel d'offre du gouvernement britannique pour une étude visant à démontrer l'innocuité des plantes GM. Il obtient alors 4 millions de livres (2,45 millions d'euro) afin d'évaluer l'impact d'un régime constitué de pommes de terre transgéniques sur la croissance de jeunes rats. Les résultats mirent en évidence un effet “facteur de croissance” caractérisé par une production accrue des cellules génératives de la paroi stomacale des rats consommant le régime OGM. La prolifération de mucosités gastriques n'apparaît que dans le lot nourri de pomme de terre transgéniques. Pusztaï alerte alors l'opinion publique et, en parallèle, une campagne de diffamation contre lui se met en place et son contrat n'est pas renouvelé. A noter qu'en 1998 l'Institut Rowett était financé à hauteur de 225 000 euro par Monsanto et était aussi en négociation pour un gros contrat avec cette multinationale. Et surtout, l'étude n'a jamais été refaite.

La dernière étude en date est l'étude réalisée par Manuela Malatesta (Université d'Urbino, Italie). Selon cette étude, une alimentation à base de soja transgénique de quelques mois (1 à 5 dans l’étude) entraîne, dans les testicules de souris, une modification d’activités enzymatiques, une modification des cellules de Sertoli (impliquées dans le fonctionnement des testicules) ainsi qu’une forte activité de l’ADN témoignant d’une synthèse de protéine accrue.